O świcie 5 września „Orzeł” zanurzył się i zdążał na północ. Było to dzień po rzekomym zatopieniu okrętu przez Niemców – tak wynikało z ich komunikatów. Wieczorem znów się wynurzył i podążył w dalszą drogę. Rano 6 września, okręt przybył w pobliże Gotlandii i znalazł się z dala od wojny, od wód nawiedzanych przez samoloty i okręty. 7 września „Orzeł” nawiązał łączność z „Sępem” donosząc że idzie na nord w kierunku Gotlandii. Sęp przeszedł więc ku wyspie Oland. Orzeł miał kilka drobnych usterek które naprawiano na bieżąco, lecz była jedna, która wymagała poważnej ingerencji , która wykraczała poza możliwości załogi.Do tego doszła choroba dowódcy który zaniemógł dość poważnie, co powodowało szybką konieczność odwiedzenia portu. Z okrętu wysłano wiadomość na Hel o chorobie kapitana i sytuacji na okręcie. Dowództwo odpowiedziało by wejść do neutralnego portu lub po cichu wrócić na cypel by zmienić dowódcę. Ostateczna decyzja na okręcie był następująca: kierujemy się to Zatoki Fińskiej i zawijamy do Tallina. 14 września o godzinie 21:30 Orzeł przybył na redę Tallina i zawiadomił władze portowe że jest na pokładzie chory i są uszkodzenia które wymagają naprawy. Przybyły pilot odmówił zabrania chorego i wrócił po nowe instrukcje. Po ponownym przybyciu zakomunikował że jest zgoda na wejście do portu. Wkrótce po przycumowaniu oddano do naprawy uszkodzoną sprężarkę dowódca udał się do szpitala. Dowództwo na ten czas objął kapitan Grudziński.
W tym czasie usadowiła się obok Orła estońska kanonierka „Laine” co nie wzbudziło żadnych podejrzeń wśród polskiej załogi. Sytuacja szybko została wyjaśniona. Oficerowie estońscy ogłosili że wyjście w morze Orła musi zostać odsunięte w czasie, gdyż w porcie jest i zamierza go opuścić niemiecki statek „Thalassa”. Orzeł nie może więc wyjść wcześniej niż 24 godziny po nim. warto dodać że na niemieckim statku pochodzącym z Hamburga zwinięto banderę i zamalowano znak armatorski, gdy Orzeł wchodził do portu. Tego samego dnia na pokład polskiego okrętu przybył estoński oficer i oświadczył że władze chcą internować Orła. Było to rażące złamanie prawa międzynarodowego, wymuszone pewnie naciskiem niemieckim. Klamka niestety zapadła i dowódca protestował bez skutku.Polska łódź podwodna została internowana. Od razu przystąpiono do rozbrojenia okrętu. Usunięto zamki, torpedy, nabije, skonfiskowano mapy nawigacyjne. Jednak wszyscy bardzo się mylili co do oceny woli walki polskiej załogi. Trudno powiedzieć, kto pierwszy na Orle podjął zamiar ucieczki. Trzeba przyjąć że była to decyzja wspólna. Wszyscy chcieli uciec z portu.
Pozornie nic nie wzbudzało podejrzeń i myśli załogi były skrzętnie schowane w głębiach serc i umysłów. Podczas gdy trwało rozbrajanie okrętu na pokładzie zjawił się nieoczekiwany posłaniec. Okazało się że 2 sekretarz angielskiego poselstwa, Giffey, przesyła oficerom bukiet biało-czerwonych kwiatów a marynarzom dwa pudła czekoladek dołączając bilety wizytowe. Na odwrocie było napisane : God bless you, Good luck…
Przygotowania do ucieczki były w toku, duszą przedsięwzięcia był porucznik Andrzej Piasecki. Każdy z załogi miał swe zadania. Gdy jedni niepostrzeżenie piłowali cumy, inni prowadzili rekonesans w porcie badając rozmieszczenie dział, reflektorów, linii energetycznych, inni usypiali czujność wartowników. Symulując awarię dźwigu udało się pozostawić ostatnie torpedy na pokładzie. Udało się tez pozostawić stację nadawczo – odbiorczą.
Na takich czynnościach minęły dwa dni 16 i 17 września i nadeszła noc 18 września. Noc w której postanowiono uciekać. O północy z niewiadomych przyczyn zgasło w całym porcie światło. Tej okazji jednak nie można było wykorzystać gdyż na pokładzie zjawił się kontroler estoński. Dopiero po jego odejściu dano sygnał do działania. Najpierw szybko i sprawnie unieszkodliwiono estońskich strażników…. A potem… W jednej chwili cała załoga poderwała się na nogi. Każdy biegł na umówione miejsce nie bacząc na przeszkody i nie czekając na instrukcje. W ręku szefa elektrotechników biegnącego wzdłuż nabrzeża błyszczał jakiś metalowy przedmiot. Nagle uniósł siekierę w górę i nastąpił błysk. Zrobiło się jeszcze ciemniej… Metalicznie zaczęły dzwonić siekiery, wśród snopów iskier pękła stalowa lina wiążąca okręt z torpedowcem a po niej reszta cum. W wieży zadźwięczał telegraf maszynowy. Padły słowa dowódcy „Oba motory – całą naprzód!”
Orzeł ruszył, ale najgorsze było jeszcze przed nim czyli wyjście z ciemnego portu, a potem skały i mielizny, a kapitan przecież został pozbawiony map. Orzeł wykręcając ku wyjściu z portu wpakował się dziobem na ostrogę falochronu. W chwili unieruchomienia włączone zostały reflektory i grad kul posypał się na kadłub okrętu. Strzelali estońscy strażnicy. Na szczęście wydzielony przez Orła dym dość poważnie ograniczył widoczność i okręt znalazł się za zasłoną dymną. Okręt zdołał wydostać się z pułapki i wymanewrować ku wyjściu z portu. Tymczasem odezwała się artyleria nabrzeżna celując w polski okręt. Orzeł znalazł się w niebezpieczeństwie, gdyż pociski zaczęły padać bardzo blisko a kanał był na tyle płytki że zanurzenie było niemożliwe. Szczęście jednak sprzyjało i okręt w końcu zanurzył się w otwartych wodach Zatoki Fińskiej.
Tymczasem zaczął budzić się kolejny dzień, nad taflą wody pojawiał się kolejny dzień. Okręt pozbawiony map, kompasów, broni, z wyczerpaną załogą, bez dotychczasowego kapitana, miał przebyć cały Bałtyk, Bałtyk pilnie strzeżony przez Niemców. Taki wyczyn był czymś więcej niż nawet ta wspaniała przemyślana i świetnie przygotowana ucieczka z estońskiego portu. Zanim jednak okręt udał się w stronę zbawiennych Cieśnin Duńskich minęły 4 tygodnie. Czemu aż tyle? Gdyż Kapitan Grudziński zrobił rzecz którą mało osób odważyłoby się uczynić po takich przebytych przygodach w Estonii i bez potrzebnego sprzętu i ekwipunku. Pozostał on w wodach Bałtyku tak długo jak pozwalały na to zapasy słodkiej wody i czatował na nieprzyjacielskie okręty i statki. Zrobił tak jak mu nakazano w zadaniu bojowym. ORP Orzeł był jedynym polskim okrętem który przebywał na Bałtyku, wykonując działania bojowe, już po kapitulacji ostatnich punktów oporu na lądzie.
Tego samego dnia którego Orzeł uciekł z Tallina i przedostał się na otwarte morze kapitan Grudziński powiadomił o tym depeszą radiową otwartym tekstem dowództwo polskie na Helu, dodając że nie ma szyfrów ani map. Odpowiedziano na to, również otwartym tekstem że „może dostać”, nie podając jednak miejsca przekazania, licząc że kapitan domyśli się, że chodzi o Hel.Odpowiedź ta niestety nie doszła do Orła, lecz do Rysia, który podawał że uszkodzony kieruje się w stronę Szwecji i że może oddać swoje mapy, z czego jednak nie skorzystano, by Orzeł nie zdradził swej pozycji. Ponieważ na dłuższą metę niemożliwe jest pełnienie misji bez map, ustalono że mapy zostaną zdobyte na pierwszym napotkanym statku. W tym celu utworzono na pokładzie oddział marynarzy uzbrojony w noże i pistolety, ale żadnego statku w następnych dniach nie napotkano. 19 Września usłyszano na Orle komunikat radiowy z Londynu, który podawał, że radio niemieckie oskarża załogę Orła o zamordowanie dwóch estońskich strażników. Kapitan Grudziński postanowił wtedy zdemaskować kłamstwa niemieckiej propagandy. 21 września Orzeł wynurzył się u brzegów Gotlandii i dwaj zabrani z Tallina Estończycy zaopatrzeni w suchary, rum i pieniądze oraz list do estońskiego admirała zostali ulokowani w składnej łodzi którą popłynęli na wyspę. Gdy przybyli na brzeg, okręt odpłynął.
Najważniejszym zadaniem było sporządzenie mapy nawigacyjnej Bałtyku. Oficer nawigacyjny podjął się tego niemożliwego wprost zadania i je wykonał na podstawie znalezionej starego spisu latarń morskich. Mapa ta otrzymała szumną nazwę „Mapa Bałtyku nr.1”. Tak pisał o niej Józef Bartosik:
„Była to niezwykła mapa, nierozróżniająca lądu od morza. Nie było na niej ani jednego wzniesienia ani mielizny. Tylko porozrzucane na papierze jak paciorki krzyże latarń pozwalały z grubsza się domyślać przebiegu linii brzegowej. Któregoś dnia po długiej burzy dowódca okrętu nie znając nawet swej pozycji postanowił pójść na północ tak daleko aż natrafi na ląd. Po kilku godzinach sterowania kursem zero okręt uderzył o skałę i musiał zawrócić n południe. To niezbyt szczęśliwe miejsce zaznaczono na mapie jako kamienny kres północnych szlaków, zaś cicha zatoka Ostergarn, w której wysadzono na ląd Estończyków otrzymała miano zatoki Dwóch Estończyków.”
Kolejno na tej dziwnej mapie przybywały kolejne nowe nazwy. Jedna z nich była związana z napotkaniem na wschód od wyspy Oland niemieckiego uzbrojonego statku, którego nasz okręt chciał storpedować, skończyło się utknięciem na mieliźnie. Uciekający niemiecki statek wzywał pomocy i wezwał samoloty, które chciały zbombardować Orła. Wszystko się jednak skończyło szczęśliwie a mielizna ta otrzymała miano „Ławicy Strachu”.
Nadeszła chwila gdy na pokładzie kończyły się zapasy słodkiej wody i kapitan podjął decyzję opuszczenia Bałtyku, na podstawie kolejnych „cudów” kartograficznych sporządzonych na okręcie a mianowicie na podstawie map cieśnin duńskich. Ostatni dzień przed przejściem Bałtyku, okręt przeleżał na dnie niedaleko Bornholmu. gdy o zmroku wynurzył się i ruszył na zachód w kierunku Sundu, odebrano informację że szwedzki statek wszedł na minę niedaleko Malmo i zatonął. Był to dowód istnienia pól minowych w rejonie cieśnin duńskich, co znacznie utrudniało i tak karkołomną nawigację. Ostrożne podejście Orła do samej cieśniny trwało ponad dobę. Większą część nocy z 7 na 8 października okręt spędził na odcinku latarni morska Smyge Huk – trawers Trelleborga i to przeważnie na dnie, gdyż natrafiono na szwedzkie i niemieckie okręty patrolowe, które reflektorami na chwile nawet uchwyciły Orła. Na szczęście został on niezauważony. Nad ranem Orzeł wynurzył się, by naładować akumulatory i nabrać świeżego powietrza. Gdy znów nastał zmierzch okręt zaczął okrążać przylądek Falsterbo obchodząc od zachodu latarniowiec Falsterborev. Dwie godziny później wchodził na środkową odnogę Sundu, kanał Drogden, a jego załoga jeszcze raz przeżyła ogromne niebezpieczeństwo. Znów napotkano okręty patrolujące i okręt wszedł na skałę. Jednak szczęście się uśmiechnęło ponownie i wszystko się dobrze skończyło. Okręt przeszedł obok Kopenhagi a o północy znalazł się koło wysepki Ven. Tam okręt zanurzył się dla bezpieczeństwa na 20 godzin i czas ten spędził na dnie. Następnego dnia rozpoczął się marsz bez ostatnią część Sundu, który to zakończył się szczęśliwie, mimo pełnej gotowości załogi do opuszczenia okrętu i jego zatopienia. Orzeł wpłynął na wody Kattegatu, pozostał tam dobę, a następnie wszedł na wody Skagerraku. Kapitan Grudziński wykorzystując duży ruch statków w tym rejonie postanowił jeszcze raz zapolować na niemieckie okręty, ale i tym razem nie udało się. 12 października skierował się zatem kursem 253° przez Morze Północne do Anglii.
14 października o godzinie 6 rano, jedna z brytyjskich stacji nadbrzeżnych odebrała następujący sygnał : „przypuszczalna pozycja – 06.30 punkt zborny Polskiej Marynarki Wojennej. Proszę o pozwolenie wejścia i pilota. Map nie mam. Orzeł”
Tegoż dnia o godzinie 11:00 w odległości 30 mil od Isle of May, orzeł spotkał się z brytyjskim okrętem HMS „Valorus”, który doprowadził go do portu Rosyth. Tak zakończyła się brawurowa Bałtycka odyseja Orła…