Morze Bałtyckie jest morzem o bardzo ograniczonej wymianie wód, co wydatnie zwiększa jego podatność na degradację, a szczególnie na niekorzystne zmiany wywołane eutrofizacją wód. Eutrofizacja morza, powodowane jest przez ładunki zanieczyszczeń związków azotu i fosforu doprowadzanych przez uchodzące do niego rzeki. Przeważająca część terytorium Polski położona jest w granicach zlewni jej dwóch największych rzek: Wisły (54% powierzchni kraju) i Odry (33,9%). Sieć hydrologiczna obejmuje także rzeki Przymorza uchodzące bezpośrednio do Bałtyku; Pasłęka, Reda, Łeba, Łupawa, Słupia, Wieprza, Grabowa, Parsęta, Rega. Około 87% pobieranej Polsce j wody na potrzeby gospodarki narodowej (11313 hm3) wraca z powrotem do wód powierzchniowych jako ścieki. 17% to ścieki komunalne a 83% ścieki przemysłowe. Ilość ścieków ze źródeł komunalnych i przemysłowych w Polsce systematycznie spada, jako efekty racjonalizacji zużycia wody na cele produkcyjne i komunalne, wymuszony poprzez instrumenty prawne i ekonomiczne. Jednocześnie podjęte na szeroką skalę działania inwestycyjne przyniosły w ostatnich latach wzrost liczby oczyszczalni oraz poprawę skuteczności ich pracy. Ograniczenie ładunków zanieczyszczeń ze źródeł punktowych oraz obszarowych ( głównie regresja rolnictwa) spowodowały stopniową poprawę jakości polskich rzek. Zmniejszyła się długość odcinków rzek, których jakość przekracza normy dopuszczalne w Polsce. W rzekach stwierdzono systematyczny spadek substancji biogennych, związków organicznych, metali ciężkich, a także fenoli i innych związków toksycznych. Największym problemem polskich rzek pozostaje nadal zły stan sanitarny wody i ciągle duża zawartość związków biogennych. Jest to spowodowane wprowadzaniem do wód nieoczyszczonych lub oczyszczonych w niewystarczającym stopniu ścieków komunalnych oraz spływami obszarowymi z terenów wiejskich i pól uprawnych. Największe ładunki zanieczyszczeń wprowadzane są wodami Wisły. Stanowią one 70% całkowitego ładunku zanieczyszczeń wprowadzanego do Bałtyku. Rzeka Wisła góruje nad rzeką Odrą w ilości wprowadzanych zanieczyszczeń do morza. Znikomy udział w zanieczyszczeniu Bałtyku stanowią ładunki wprowadzane wodami rzek Przymorza.
Badania Morza Bałtyckiego w roku 1998 wykazały, że warunki termiczne i zasolenia nie odbiegały w sposób istotny od lat ubiegłych. Nie wystąpiły znaczące spadki temperatury na powierzchni morza zimą oraz znaczne podwyższenie temperatury latem. Maksymalna temperatura na powierzchni morza była latem najniższa w tym sezonie w wieloleciu. Warstwa przydenna zasilona została wodami z Morza Północnego, co w dalszej kolejności sprzyjało powstawaniu deficytu tlenowego. Warunki tlenowe jakie panowały w 1998 roku w warstwie przydennej obszarów głębokowodnych można określić jako najgorsze w latach 1994 – 1998. W strefie przybrzeżnej mieściły się w zakresach zmian wieloletnich. Rok 1998 charakteryzował się spokojnym przebiegiem sytuacji ekologicznej w polskiej części południowego Bałtyku. Regionalnie zimowe stężenia podstawowych związków odżywczych w warstwie powierzchniowej morza były na wyższym poziomie niż w roku 1997, jedynie w strefie morza otwartego utrzymywały się na podobnym poziomie, natomiast stężenia azotanów były zdecydowanie niższe. Średnie roczne stężenia fosforanów zmniejszyły się w porównaniu z latami ubiegłymi w Zatoce Gdańskiej, Zatoce Pomorskiej i w wodach wybrzeża środkowego. Stosunkowo wysokie stężenia krzemianów były rezultatem zwiększonego spływu rzecznego. Rok 1998 charakteryzował się dwukrotnie wyższą liczebnością zooplanktonu niż w okresie 1996 – 1997. W dalszym ciągu utrzymywały się niekorzystne warunki środowiskowe w osadach i warstwie przydennej strefy głębokowodnej, co uniemożliwiło bytowanie i rozwój nawet najbardziej odpornych na deficyt tlenu gatunków makro zoobentosu. Bałtyk wraz z Morzem Czarnym i Morzem Irlandzkim, należy do najbardziej skażonych mórz pod względem radioaktywności. Jednakże tendencja spadkowa, która utrzymuje się od roku 1996 pozwala szacować, że w najbliższym dziesięcioleciu nastąpi istotny spadek skażeń.
Na podst. opracowania Dr M. Landsberga.